Подписывается весь документ целиком, т.е. файл. Может оставить в этом документе одну, требуемую к подписанию, строку и подписать документ?
Dragster, А вы в курсе вообще зачем нужна цифровая подпись. и собственно какие функции она выполняет?
Можно и кусок данных подписать. Надо просто договориться с проверяющей стороной, как их можно достать, чтобы проверить.